Bis in die späten neunziger Jahre bestimmten Sanierungs- und Erneuerungsarbeiten das von der Stiftung abgesteckte Tätigkeitsfeld. In zeitlich klar festgelegten Etappen wurden die Lebensverhältnisse der Klosterfrauen verbessert sowie die Infrastruktur der Landwirtschaft als eine der Haupteinnahmequellen des Klosters optimiert. Heute steht die Realisierung von Einzelprojekten im Vordergrund, was nicht zuletzt für Geldspender attraktiv ist, die sich ein deutliches Bild von der Verwendung ihrer Beiträge machen möchten.
Erhebliche Veränderungen ergaben sich 1983, als das Kloster St. Johann zusammen mit der Berner Altstadt und dem St. Galler Stiftsbezirk als UNESCO-Weltkulturerbe anerkannt worden war. Die damit verbundene Ausweitung der Strahlkraft dieses Kulturdenkmals hatte unverzüglich günstige Auswirkungen auf die Besucherzahlen. Damit öffneten sich aber auch für die Stiftung neue Dimensionen. Die Unterstützung des Klosters musste zwangsläufig in einem weiteren, in einem regionalen und sogar in einem grenzüberschreitenden Rahmen betrachtet werden.
Als 2008 die Strecke der Rhätischen Bahn zwischen Thusis und Tirano ebenfalls auf die Welterbeliste gesetzt wurde, rückte die Suche nach Synergien zwischen dem Kloster und der touristischen Entwicklung ins Zentrum. Damit erhielten auch Kommunikation und Information einen höheren Stellenwert.
Mit einem vielfältigen Programm zur Weiterentwicklung des Museums und Sensibilisierung der Öffentlichkeit engagiert sich die gegenwärtige Leiterin dieser Sparte, Dr. Romina Ebenhöch, für das Kloster St. Johann. Sie fungiert als Partnerin der Medien, aber auch weiterer an der Entwicklung des Klosters interessierten Personen und Institutionen.
Zu einer nochmaligen Erweiterung des Verantwortungsbereichs der Stiftung trug ebenfalls die Ausdehnung des ursprünglich auf den Schweizerischen Nationalpark beschränkten Biosphärenreservats auf das Münstertal durch die UNESCO 2010 bei. Überdies verlangen neue politische Strukturen im Val Müstair, Planungen für die Strassenführung in der näheren Umgebung des Klosters und Anpassungen im Bereich der landwirtschaftlichen Produktion, dass die Tätigkeiten zur Unterstützung des Klosters unter einem zunehmend weiten Blickwinkel betrachtet werden müssen. Gerade agrarpolitische Einflussfaktoren wie etwa die künftige Gestaltung der Milch- und Käseproduktion im Münstertal könnten sich nämlich direkt und je nach gefällten Entscheiden ungünstig auf die Einnahmesituation des Klosters auswirken. Mit dem Ziel, die nötigen Beurteilungsgrundlagen selber zur Hand zu haben, hat die Stiftung Fachgutachten ausarbeiten lassen.
Und mit der Absicht, Müstair als Forschungsstandort zu erhalten und auszubauen, ist mit dem Institut für Kunstgeschichte der Universität Bern eine entsprechende Vereinbarung getroffen worden.
